Ghostscript でフォント埋め込み指定した場合 (-dEmbedAllFonts=true)，Base 14 Fonts と呼ばれる基本フォント (Courier, Courier-Bold, Courier-Oblique, Courier-BoldOblique, Helvetica, Helvetica-Bold, Helvetica-Oblique, Helvetica-BoldOblique, Times-Roman, Times-Bold, Times-Italic, Times-BoldItalic, Symbol, ZapfDingbats の 14個) については埋め込まないようになっているようです．
ただし，PDF/X や PDF/A と呼ばれるフォーマットの場合，これらのフォーマットの要求事項に「全てのフォントを埋め込む事」と言う指定があるため，Base 14 Fonts も埋め込まれるようです．実際，Ghostscript で PDF/X ファイルを作成する - Life like a clown でテストした際にも，PDF/X の場合は Times-Roman フォントが埋め込まれていました．
PDF/A や PDF/X 以外の普通の PDF 形式でも全てのフォーマットを埋め込みたい場合には，以下のコードを修正する事で可能になるようです．
http://bit.ly/oXfUxH欧文基本14書体を PDF に埋め込むには
Ghostscript は、標準では PostScript Level 1 欧文基本14書体を PDF に埋め込まない。これが好ましくない場合には以下のようにする。
[/opt/local/share/ghostscript/9.02/Resource/Init/gs_pdfwr.ps] ... /.standardfonts [ % /Courier /Courier-Bold /Courier-Oblique /Courier-BoldOblique % /Helvetica /Helvetica-Bold /Helvetica-Oblique /Helvetica-BoldOblique % /Times-Roman /Times-Bold /Times-Italic /Times-BoldItalic % /Symbol /ZapfDingbats ] readonly def ...
ただし，Resource/Init/* にあたるファイル群は，Windows 版のオリジナル Ghostscript だとバイナリとして埋め込まれてる？ようなので，Windows 版でこの修正を行う場合には，恐らく，Ghostscript 自体を再ビルドする必要があります．尚，日本語版 Ghostscript と呼ばれている修正バージョンでは，Resource/Init/* のファイルを分離して再ビルドしているようなので，こちらを使用する場合には該当する PostScript ファイルを修正するだけで変更できるようです．
